رهبر معظم انقلاب دارای 6 فرزند هستند نام دختران‌شان بشری و هدی است و سید مصطفی و سید مجتبی دو تن از فرزندان پسر ایشان ۸ سال در جبهه‌های جنگ ایران و عراق حضور داشتند.سید مسعود و سید میثم کوچکترین پسران ایشان هستند.
مقام معظم رهبری همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیت های سیاسی و اقتصادی مبرا داشته و به ایشان توصیه کرده اند که در کارهای اقتصادی وارد نشوند. حجت‌الاسلام و المسلمین احمد مروی معاون ارتباطات حوزه ای دفتر مقام رهبر معظم انقلاب در این رابطه می گوید: ایشان چهار فرزند پسر دارند كه هر چهار نفر، طلبه و معمم هستند و حقیقتاً هم درس می‌خوانند. خوب هم درس می‌خوانند. من با اینها مأنوسم، این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، گعده داریم، صحبت می‌كنیم. یك بار ندیده‌ام كه اینها راجع به پولی، امكاناتی و چیزهای از این قبیل صحبت بكنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یك فرد معمولی است».
وی می گوید: آقازاده‌ها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همكاری دارند والاّ هیچ كدام از آقازاده‌ها مسئولیتی ندارند. جایی هم مشغول نیستند. ممحّض در درس و كار طلبگی هستند. درس می‌خوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت كرده‌اند.
قرآن یادگاری
مصطفی خامنه ای فرزند ارشد رهبر انقلاب است.پدر شهید «علی اصغر صفرخانی» فرمانده واحد «آر. پی. جی» تیپ ذوالفقار لشکر ۲۷ و سپس فرمانده گردان ویژه شهادت که صبح روز ۱۰ تیر ماه ۱۳۶۵ بر اثر اصابت ترکش خمپاره به شهادت رسید. می گوید:«علی اصغر که شهید شد آقای خامنه‌ای با پسرشان آمدند منزل ما. پسر بزرگ ایشان آقا مصطفی، هم رزم علی اصغر بود و زمان شهادت پسرم آقا مصطفی هم آنجا حضور داشته. ایشان از لحظه شهادت علی اصغر تعریف می‌کرد که: ما داشتیم از خط بر می‌گشتیم، گفتم: علی اصغر بیا برویم داخل سنگر. گفت: شما برو من الان می‌آیم. آقا مصطفی گفت: من چند قدم که رفته بودم انفجاری شد و گفتند صفرخانی تیر خورده. رفتم جلو دیدم غرق در خون افتاده و قرآنش هم کنارش افتاده بود. پسر حاج آقا خامنه‌ای به من گفت: راضی باشید من این قرآن را به یادگار بر می‌دارم». سید مصطفی داماد آیت‌الله عزیز الله خوشوقت است که همین چند وقت پیش در مکه به دیدار معبود شتافت.
فعالیت های اقتصادی
درباره فعالیت‌های اقتصادی فرزندان رهبری رسانه‌های بیگانه شایعات زیادی را مطرح کرده اند. حجت الاسلام مروی درباره زندگی مصطفی خامنه ای خاطره ای نقل می کند و می گوید:« آقا مصطفی آقازاده بزرگ آقا همان سال اول ازدواجشان که طلبه قم بودند،. خانه‌ای اجاره کرده بودند و مستأجر بودند - الان هم مستأجرند - ما را یک روز برای ناهار دعوت کردند. ما رفتیم منزل ایشان. یک سال از ازدواج ایشان نگذشته بود، ماههای اول ازدواج ایشان بود. ما هم یک گلدان معمولی خریدیم و رفتیم که دست خالی نرویم. من واقعاً تعجب کردم که آیا این خانه، خانه یک تازه‌داماد است؟! حالا نه خانه فرزند رهبر انقلاب و مقام اول کشور، حتّی خانه یک تازه‌داماد هم این نیست. یعنی یک خانه تازه‌داماد، بالاخره یک زرق و برقی دارد؛ تا مدتها این زرق و برق خانه تازه‌داماد و خانه تازه عروس، هست. من توی خانه اینها، واقعاً همان زرق و برق معمولی یک تازه‌داماد و یک تازه عروس را ندیدم. بسیار زندگی معمولی، دوتا فرش ماشینی، آن هم نه سه در چهار چون من دقت داشتم به این چیزها. دور و بر خودم را نگاه می‌کردم. حواسم بود و تا آنجا که می‌توانستم، رصد می‌کردم اوضاع و احوال خانه را. دو تا فرش شش متری انداخته بودند، دور خانه هم موکت بود و دو سه تا پشتی ابری معمولی، نه مبلمانی، نه زرق و برقی! زندگی ساده و خوبی در آقازاده‌های ایشان سراغ داریم.»
وی می گوید: آقازاده‌ها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همکاری دارند والاّ هیچ کدام از آقازاده‌ها مسئولیتی ندارند. جایی هم مشغول نیستند. ممحّض در درس و کار طلبگی هستند درس می‌خوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت کرده‌اند. خود آقا مصطفی که الان سطوح عالیه را در قم تدریس میکنند. ایشان مکاسب و کفایه در قم تدریس میکنند.
ادعاهایی درباره سید مجتبی
سید مجتبی خامنه ای دومین فرزند رهبر معظم انقلاب سابقه حضور در جبهه و عملیات های مختلف را دارد. نام مجتبی خامنه ای بیش از دیگر فرزندان رهبر معظم انقلاب به گوش می خورد. رسانه های بیگانه ادعاهای بی اساس مختلفی درباره او مطرح می کنند. اواخر دی ماه حداد عادل در یک سخنرانی در اصفهان به برخی شایعاتی که درباره دامادش مطرح است پاسخ داد. او با بیان اینکه مسائل مطرح شده درباره فرزند رهبر ایران برای ایجاد بدبینی در میان مردم و فاصله انداختن بین مردم و رهبر ایران بیان می‌شوند گفته بود «بی بی سی در فتنه 88 می‌گفت یک کامیون شمش طلا مربوط به آقا مجتبی خامنه ای می خواسته از مرز خارج شود که ترکیه آن را بازداشت کرده است، یا می گویند آقامجتبی در لندن یک بیمارستان و یک طبقه هتل را گارانتی کرده که بچه اش به دنیا بیاید و یک میلیون پوند پول داده اند، من زندگی آقا مجتبی را از نزدیک دیده ام، مگر من پدر بزرگ آن بچه نیستم که با 500 هزار تومان در یک بیمارستان معمولی تهران به دنیا آمد و دکترش خانم وزیر سابق بهداشت، خانم دستجردی بود،می خواهند القا کنند که آقازاده ها کامیون طلا از مملکت بیرون می برند و بدین سان شان ولایت فقیه را زیر سئوال ببرند».
روایت وصلت
آقا مجتبی خامنه ای داماد غلامعلی حداد عادل است. غلامعلی حدادعادل درباره نحوه شکل گرفتن این وصلت می گوید: «سال 77، خانمی به خانه ما زنگ زده بود و گفته بود که می خواهیم برای خواستگاری خدمت برسیم. خانم ما گفته بود دختر ما در حال حاضر سال چهارم دبیرستان است و می خواهد ادامه تحصیل دهد. ایشان دوباره پرسیده بودند اگر امکان دارد ما بیاییم دخترخانم را ببینیم تا بعد. اما خانم ما قبول نکرده بودند. بعد خانم ما از ایشان پرسیده بودند اصلاً شما خودتان را معرفی کنید. و ایشان هم گفته بودند؛ من خانم مقام معظم رهبری هستم. خانم ما از هول و هراس دوباره سلام علیک کرده بود و گفته بود؛ ما تا حالا به همه پاسخ رد داده ایم. اما شما صبر کنید با آقای دکتر صحبت کنم، بعد شما را خبر می کنم. بعد از صحبت با من قرار بر این شد که آنها بیایند و دخترمان را در مدرسه ببینند که هم دخترمان متوجه نشود و هم اینکه اگر آنها نپسندیدند، لطمه یی به دختر ما نخورد. طبق هماهنگی قبلی، خانم آقا آمدند و در دفتر مدرسه او را دیدند و رفتند. چند روز گذشت و من برای کاری خدمت آقا رفتم. آقا فرمودند؛ خانم استخاره کرده اند، جوابش خوب نبوده است.
یک سال از این قضیه گذشت. مجدداً خانواده آقا تماس گرفتند و گفتند ما می خواهیم برای خواستگاری بیاییم. خانم بنده پرسیده بودند چطور تصمیم تان عوض شده؟ آقا گفته بودند؛ خانم ما به استخاره خیلی اعتقاد دارد و دفعه اول چون خوب نیامده بود، منصرف شدند و خانم آقا هم گفته بودند؛ چون دخترتان دختر محجبه، فرهیخته و خوبی است، دوباره استخاره کردم که خوب آمد و اگر اجازه بدهید، بیاییم».
حداد عادل ادامه می دهد: «بعد از چند روز خدمت آقا رفتیم. آقا فرمودند؛ آقای دکتر، داریم خویش و قوم می شویم. گفتم؛ چطور؟ گفتند؛ خانواده آمدند و پسندیدند و در گفت وگو هم به نتیجه کامل رسیده اند، نظر شما چیست؟ گفتم؛ آقا، اختیار ما دست شماست».
او ادامه می دهد: «آقا فرمودند که، شما، دکتر و استاد دانشگاهید و خانم تان هم همین طور. وضع زندگی شما مناسب است، اما زندگی من این طور نیست. اگر بخواهم تمام زندگی ام را بار کنم، غیر از کتاب هایم یک وانت بار می شود. اینجا هم دو اتاق اندرون و یک اتاق بیرونی است که آقایان و مسوولان در آنجا با من دیدار می کنند. من پول ندارم خانه بخرم. خانه یی اجاره کرده ایم که یک طبقه مصطفی و یک طبقه هم مجتبی زندگی می کنند. شما با دخترت صحبت کن که خیال نکند حالا که عروس رهبر می شود، چیزهایی در ذهنش باشد. ما این طور زندگی می کنیم. اما شما زندگی نسبتاً خوبی دارید. حالا اگر ایشان بخواهد وارد این زندگی شود، کمی مشکل است. مجتبی معمم هم نیست. می خواهد قم برود و درس بخواند و روحانی شود. همه اینها را به او بگو بداند»
حضور در دفتر نشر
سید مسعود فرزند دیگر ایت الله خامنه ای با کمال خرازی وزیر پیشین امور خارجه رابطه خویشاوندی دارد. او داماد آیت الله خرازی نمایندهٔ مردم تهران در مجلس خبرگان رهبری و عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم است.در بین فرزندان رهبر معظم انقلاب، سید مسعود بیشترین اهتمام را به جمع آوری خاطرات پدر و اداره دفتر حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب مشغول است.
سید میثم خامنه‌ای فرزند چهارم حضرت ایت الله العظمی خامنه ای رهبر معظم انقلاب است. او نیز دانش آموخته حوزه علمیه تهران است و سابقه شرکت در درس خارج آیت‌الله العظمی خامنه‌ای را دارند. سید میثم مشغول تدریس در حوزه علمیه تهران می باشند و با دفتر حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب اسلامی همکاری دارند. کوچکترین فرزند آیت‌الله العظمی خامنه‌ای داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.
دختران مقام معظم رهبری یکی از دختران ایشان همسر فرزند آیت‌الله محمدی گلپایگانی رییس دفتر رهبری است که به لباس روحانیت آراسته است و ضمن تحصیل علم دین در دانشگاه‌های کشور به تدریس متون حقوقی به زبان فرانسه نیز اشتغال دارند، دختر دیگر ایشان همسر فرزند آیت‌الله باقری کنی از علمای تهران است.
